9月16日零时起，扬州地区扬州、扬州东、江都、高邮、高邮北、宝应火车站将恢复办理客运业务。9月15日12时起，将恢复9月16日零时后以上车站各次出发和到达列车售票；同步取消以上车站控制发售进京车票措施。
7月下旬，扬州地区发生新冠肺炎疫情。为了阻断疫情通过铁路传播，根据扬州市疫情防控工作部署要求，铁路部门自8月6日12时起，暂停办理扬州、扬州东火车站客运业务；自8月8日18时起，暂停办理江都、高邮、高邮北、宝应火车站客运业务，并关闭以上车站进出站通道。
随着扬州抗击疫情取得阶段性胜利，城市功能有序恢复。9月9日起，扬州中风险地区清零，全域为低风险地区。根据扬州市疫情防控工作部署要求，自9月16日起，全面恢复当地公共交通。旅客可凭健康码绿码和行程码绿码（无*号标记），并经体温测量正常即可乘火车出行。
扬州地区火车站恢复办理客运业务后，铁路部门将严格执行属地化疫情防控措施，全面落实进出站旅客体温检测，常态化做好公共场所的通风、消毒和保洁；配合扬州市防疫部门做好健康码、行程码查验，提醒旅客候乘车全过程规范佩戴口罩；一旦发现有发热人员，立刻启动应急程序，及时隔离消毒并移交地方防疫部门，坚决把牢防疫铁路关口。车站将通过广播、显示屏等开展防疫知识宣传和普及，倡导测温、扫码、戴口罩、勤洗手、勤通风等健康生活习惯。
扬州东、扬州、宝应、高邮、高邮北火车在进出站口共配备33台“扬城扫码通”一体机，可快速实现健康码核验、身份证验证、远距离测温等功能，方便旅客快速进出站。扬州东站增派40名疫情防控引导员，网格化做好站内巡视引导，帮助老人和脱网旅客核验健康码、行程码，并免费提供一次性口罩。