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组织严密
共七等级 男领导能享用美女
“全能神”等级分明，组织严密，所谓最高权威“女基督”主要工作只是说话，“大祭司”赵维山才是真正掌权者。他所负责的工作包括行政管理、安排各地的行政教务、差派工作，分配钱财，制定和监督教规的执行，及确定各地分部的领袖。“大祭司”以下设“各部门领导”，协助赵维山处理“教务”并出谋划策。再依次为“省级分部领导”、“区级领导”、“县级领导”、“城乡领导”。他们每10人到20人分为一个“小组”，设组长一名；40人为一个“小排”，设排长一名。各排各组均有一名“上级”（从外地调来的“讲道高手”）。自上而下，每层安排一名女性给该层的“男负责人享用”，“全能神”称之为“过灵床”。
从“省级分部领导”开始，每层设有一线、二线、三线、四线人员，在各地设有“联络站”（负责接待）和“训练基地”（负责训练洗脑）。
据调查侦破情况来看，“全能神”每一地区均设有专职财务人员，将敛聚、骗取的金钱以转账汇款等方式交给教派高层，这些钱大都被使用、挥霍甚至转移到了境外。
报复惩戒
专设“护法队”殴打脱教者
并不是每个传教对象都能被顺利拉拢，发展受阻后，“全能神”改用“硬招”，恐吓、暴力。“全能神”邪教组织专门设有“护法队”，殴打不愿入教或意图脱教的人。
案卷显示，1998年10月30日至11月10日，河南唐河县“全能神”“护法”在短短12天内，接连制造了8起抢劫、殴打事件，受害人被打断四肢、割去耳朵。
武伯欣称，2010年期间，河南一名小学生在放学途中失踪，后被发现死于一处柴垛处，脚心印有闪电标志。经调查，遇害儿童一名家属曾被发展成“全能神”成员，但意图脱教，该教遂实施了报复惩戒行动。“我们现在可以确定，河南信阳光山县砍伤学生案的犯罪嫌疑人闵拥军，就是受到同村一名60多岁‘全能神’女信徒的影响，才导致了悲剧的发生。”